Fiskeriforskning hadde i 2006 inntekter på tilsammen164 millioner kroner mot 152 millioner i 2005. Underskuddet på driften var på nesten tre millioner kroner, en liten forbedring fra året før. Resultatet for 2006 var imidlertid pent, nesten 29 millioner kroner etter et millionunderskudd i 2005.
Dårlig i Bergen
Styret i Fiskeriforskning, der Johannes Nakken er styreleder, er fornøyd med den faglige virksomheten ved instituttet. –Styret er ikke tilfreds med det svake driftsresultatet som henger sammen med instituttets pensjonskostnader. Den negative økonomiske utviklingen ved avdelingen i Bergen har vært bekymringsfull i flere år.